宋景定元年(1260年),忽必烈即大汗位。至元八年(1271年),朝廷设置总制院(后改为宣政院)统一管理全国佛教事务和藏族地区的政教事务。宣政院下设3个宣慰使司都元帅府,其中“吐蕃等路宣慰使司都元帅府”简称“朵甘思宣慰司”,具体负责现今昌都市、四川省甘孜州等藏区的军政事务。当时,吐蕃等路宣慰使司都元帅府所辖的地方机构有14个,其中在今昌都芒康等地设置亦思马儿甘万户,达鲁花赤1员,万户2员,管辖今昌都市的芒康、贡觉、类乌齐、丁青等县。
明洪武元年(1368年),朱元璋在南京称帝,建立明朝。明朝建立之时,重视对全藏的治理,并采取“多封众建,尚用僧徒,分而治之”的统治政策,加强对全藏区的控制。为了管理全藏区,明朝在河州设西安行都指挥使司,下辖河州卫、朵甘卫、乌思藏卫。洪武七年(1374年)朵甘卫升为朵甘行都指挥使司,下设2个宣慰司、1个元帅府、4个招讨司、13个万户府、4个千户所。其辖境包括今昌都市。永乐五年(1407年),朵甘行都指挥使司下辖6个招讨司,其中的“磨儿勘招讨司”治所在今昌都市芒康县一带;所设万户府中的“乃竹”万户府治所在今昌都市贡觉县境内;所设千户府中的“纳竹”千户治所在今卡若区拉多乡一带。明朝为了保证康藏驿站的畅通,于永乐十三年(1415年)又增设“上邛部卫”,命头目掌巴伯为指挥使,其治所在今昌都丁青县。
清康熙五十八年(1719年),康熙皇帝派兵进藏。不久“乍丫”、“叉木多”、“擦哇”等三处呼图克图将“所属喇嘛、民人等户口,会造总册投递”,向清军表示“归顺”。清朝通过分封僧俗领主,加强对康区的统治。从康熙年间起,陆续分封昌都的帕巴拉、察雅的罗登西饶、类乌齐的帕曲、八宿的达察济隆等僧俗首领,协助朝廷统治地方。雍正九年(1731年),藏北及昌都一带三十九族归驻藏大臣管理,设章京一员,约束地方。
清末,赵尔丰在昌都地区的一些地方实行“改土归流”,并根据“地足以养其民,民足以养其官”的原则奏请建置府、州、县治。宣统二年(1910年)改置察木多理事官,由川滇边务大臣管理。同年,将察木多改为昌都府,乍丫改为察雅县,恩达、八宿合并设为恩达县,类乌齐在西藏未定界前,暂归该县管辖,将桑昂曲改为科麦县,杂瑜改为察隅县,贡觉改为贡县,江卡改为宁静县,均隶属于昌都府。
宣统三年(1911年)辛亥革命爆发,昌都地区的清军闻讯响应,改组边军,推举顾占文为临时督军,下分三标,任命彭日升、刘赞廷、牛运隆为标统,分别驻扎在昌都、江卡(宁静)及德格。同年,彭日升率军3000人驻守昌都。
民国元年(1912年),孙中山就任中华民国临时大总统,宣布“合汉、满、蒙、回、藏诸族为一家,是曰民族之统一”。随后袁世凯上台,设立了蒙藏事务处,加强对西藏的管理。民国2年(1913年),设川边特别行政区,昌都地区属其管辖。同年,西藏地方政府在昌都置朵麦基巧府,设总管1名总揽昌都地区的军政事务。总管多由噶伦一级官员担任,故昌都总管府也称之为“昌都噶厦”。总管任期一般为4年。其下设有四品僧官“堪穷”1名,四品俗官“仁西”1名,他们分别管理朵麦基巧内部日常事务。下辖“噶仲”秘书长1名,掌理机要文书。“噶雪卓尼”1名,执掌接待贵宾与对外事宜。侍卫官1名,负责总管的安全保卫工作。除此之外,还设有若干名僧俗办事人员。在朵麦基巧之下还有1个叫“颇康”的粮台机构,专司征收全地区粮赋及军官薪饷发放事宜,设四品僧俗粮员各1名负责,任期一般为3年。
昌都朵麦基巧总管的职责为:对昌都地区的土地、人口进行检查;决定各宗的差税负担;负责征收和发放军饷;任命各关卡的税收人员,以及征收从四川、青海、云南入藏的各种货物的商品税;在西藏地方政府与临近省发生战争时指挥西藏驻昌都的军队,决定各部队的驻守地区和军事调动等。朵麦基巧所辖各宗的“宗本”(相当于县长)由西藏地方政府任命,总管行监督代管权。总之,除与邻省的地界纠纷须请示西藏地方政府外,辖区内的政治、军事等事务,可由总管自行处理。西藏各基巧中昌都总管的权力最大。
民国4年(1915年),川边之恩达、乍丫、宁静、武成、贡觉、同普、白玉、德格、 邓科、石渠等县,连同昌都均归彭日升管辖。
民国6年(1917年)9月,发生第一次康藏纠纷。民国7年(1918年)4月,彭日升与藏军签订停战协定,21日,藏军前队进入昌都。此后“相继为藏人攻陷者,北路有贡县、同普、德格、白玉、邓柯、石渠、瞻化等七县,南路有武城等二县,共陷县十有二……边军势力益孤”。至此昌都地区全境及部分金沙江东岸的康区全由藏军占据。民国21年(1932年)10月,康藏双方签订《康藏岗拖暂行停战协定》,民国22年(1933年)6月,青藏双方签订《青藏和约》,康藏、青藏和议既成,川、青、藏三方得以暂告平安。民国28年(1939年),西康省成立,昌都属其辖地。
1950年10月19日,昌都武装解放。1951年1月1日,成立地区解委会,受政务院直接领导。1956年9月,昌都地区正式划归自治区筹委会管辖。1959年4月,经国务院发布命令撤销地区解委会,成立昌都地区军事管制委员会。
1960年1月,昌都专员公署成立。1961年6月,昌都地区军事管制委员会结束工作。1969年4月,地区专署由地区革委会取代。1978年11月,撤销地区革委会,设立地区行署。
注:2014年10月,国务院批复撤销昌都地区(国函〔2014〕143号),设立地级昌都市。昌都市设立卡若区,以原昌都县的行政区域为昌都市卡若区的行政区域,卡若区人民政府驻城关镇昌都中路259号。
截至2014年11月,昌都市辖原昌都地区的江达县、贡觉县、类乌齐县、丁青县、察雅县、八宿县、左贡县、芒康县、洛隆县、边坝县和新设立的卡若区。即一个区十个县,包括24个镇,118个乡。
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